Les rapides du fleuve Yukon attirent depuis longtemps les populations. Les rapides Klik-has ralentissaient les saumons qui remontaient le fleuve pour frayer pendant l'été. (Dans la langue autochtone locale, Klik-has signifie «très mauvais».) Les Autochtones pêchaient le saumon à la lance dans les rapides et installaient des filets dans les remous en aval de ces eaux impétueuses. Ils établissaient leurs camps saisonniers en aval des rapides.
Site traditionnel de pêche
Point de transbordement pendant la ruée vers l'or
Les rapides du canyon Miles et les rapides Whitehorse étaient des obstacles aussi célèbres que dangereux pour les chercheurs d'or en route vers le Klondike. Pour éviter les rapides, ils transportaient leurs marchandises dans des charrettes montées sur des rails de bois («tramways») que tiraient des chevaux entre Canyon City et White Horse City. Lorsque la construction du chemin de fer de la White Pass and Yukon Railway fut terminée, en 1900, une plus grande ville (qui s'appelle maintenant Whitehorse) fit son apparition de l'autre côté du fleuve, aux alentours des quais où l'on chargeait les cargaisons transportées par charrette sur des bateaux à roue arrière.
Point de transbordement
Source d'hydroélectricité
La centrale hydroélectrique de Whitehorse Rapids fournit la majeure partie de l'énergie consommée dans le Territoire du Yukon. Elle fut construite en 1957 là où;;;; la dénivelée du fleuve Yukon est la plus marquée et le débit est suffisamment puissant pour produire de l'hydroélectricité. L'eau tombe d'une hauteur de 18 m depuis le barrage jusque dans les turbines qu'elle fait tourner pour produire de l'électricité. Une autre bonne raison pour construire le barrage à cet emplacement était que les coulées de lave basaltique qui forment les berges du fleuve constituent une excellente fondation. Les eaux du fleuve Yukon retenues derrière le barrage forment le lac Schwatka, qui a dompté les eaux du canyon Miles.
Source d'hydroélectricité
Le détournement du fleuve!
Depuis la source du fleuve Yukon, près du col Chilkoot, on aperçoit le Pacifique. Cependant, le fleuve ne se jette pas dans cet océan mais s'écoule plutôt sur plus de 3000 km jusque dans la mer de Béring. Le réseau hydrographique actuel du fleuve Yukon est relativement récent. Nombre de vallées et de terrasses fluviales sont inclinées vers le sud, ce qui porte les géologues à croire qu'une grande partie des eaux du Territoire du Yukon se sont peut-être déjà écoulées vers le sud-ouest jusqu'au golfe d'Alaska. Des glaciers ont bloqué cette voie pendant les époques glaciaires, de sorte que les eaux du centre du Territoire du Yukon ont dû suivre un cours différent et plus long sur les terres sans glace de l'Alaska pour atteindre la mer de Béring.